A formação em EMDR em Portugal é exclusiva para profissionais da saúde mental, psicólogos clínicos e médicos psiquiatras, devidamente enquadrados nas respectivas ordens profissionais. 

Existem duas vias distintas de formação, cabe ao profissional decidir qual o seu percurso formativo e quais os seus objetivos.

Para os que pretendem ser psicoterapeutas EMDR, a Associação EMDR-Portugal tem o Curso de Formação em Psicoterapia EMDR que dará acesso, no caso dos psicólogos, após candidatura, à Especialidade Avançada em Psicoterapia pela Ordem dos Psicólogos Portugueses. Por outro lado, os psicólogos clínicos ou psiquiatras com formação em psicoterapia que queiram fazer formação em EMDR para integrarem esta abordagem na sua prática clínica e/ou psicoterapêutica têm disponíveis cursos ministrados por empresas privadas, acreditados pela Associação EMDR-Portugal e que integram o plano de estudos para Practitioner em EMDR certificado pela EMDR-Europe.